Thành Bát Quái gắn liền với các cuộc nội chiến tương tàn thời phong kiến Việt Nam. Sau khi nối ngôi Gia Long, vua Minh Mạng nghi ngờ Tổng trấn Gia Định Lê Văn Duyệt có ý làm phản, cố tình gia cố thành Bát Quái để chống lại triều đình, do đó cho san bằng mổ mả của ông để trả thù.
Đây là nguyên nhân khiến Lê Văn Khôi, con nuôi Lê Văn Duyệt, quyết định nổi loạn, chiếm thành Bát Quái và 6 tỉnh Nam Kỳ. Vua Minh Mạng sau đó phải huy động hàng vạn quân thủy, bộ vào Nam để đánh dẹp. Tuy nhiên, vì thành vô cùng kiên cố, bên trong có đầy đủ lương lực, khí giới, triều đình mất tới 2 năm mới chấm dứt nội loạn.
Đề phòng biến cố tương tự trong tương lai, Minh Mạng đã cho phá hủy tòa thành Bát Quái mà Gia Long từng bỏ nhiều công sức xây dựng. Đến năm 1836, ông cho xây một tòa thành mới có tên thành Phụng, với diện tích nhỏ hơn để trấn thủ Gia Định.